הגניזה הקהירית שפכה אור חדש על ספרות מדרש האגדה. מאות קטעי גניזה של מדרשים לא מוכרים מלמדים כיצד נמשכה חיותה והתפתחותה של ספרות זו מאות שנים לאחר הורתה בפועלם של התנאים והאמוראים. פעילות ספרותית זו מבטאת הן את כוחה והן את חולשתה של ספרות זו. הגמישות היצירתית היא ביטוי לחיותם של מדרשי האגדה מחד, ולהעדר הסמכות שלהם, בהשוואה לספרות ההלכתית של התנאים והאמוראים, ובמיוחד למשנה ולתלמוד. מעמדם של מדרשי האגדה אכן עמד בשלהי במפנה האלף הראשון לספירה בצילה של הביקורת הרציונאליסטית, אשר קראה תיגר הן על תכני האגדה והן על דרכי הפרשנות שלה. אולם, במאות הראשונות לאלף השני לספירה חל מפנה. מדרשי האגדה החלו מתגבשים לקבצים שזכו למעשה לקנוניזציה רק עם המצאת הדפוס. מעמדם של מדרשי האגדה שהלכו ונתפסו חלק יסודי ממורשתם של חז"ל הלך והתעצם, ונוכחותם בתרבות היהודית התחדדה.

פרוייקט המדרש בקהילות הגניזה הקהירית שם לו למטרה לספר את סיפורים של מדרשי האגדה כפי שהוא עולה ממצאי הגניזה הקהירית. להמשיך בתהליך של חשיפת חומרי מדרש אגדה אבודים, שהחל כבר עם גילויה של הגניזה, ולהעמיק עוד בהבנתם ובמיקומם בתוך מרחבי היצירה המורכבים של התרבות היהודית; להפנות את הזרקור למגוון קטעי גניזה מוזנחים המספרים בעקיפין את סיפורם של מדרשי האגדה: עדויות היסטוריות על מקומם של מדרשי האגדה, רשימות פרטיות של חכמים ודרשנים, רשימות פסוקים וחומרי גלם מדרשיים, חומרים בערבית-יהודית ובהם עיבודי מדרשים, פרשנויותיהם ותרגומיהם ועוד.